Разобрался. Не включилось из-за многомодульности проекта.
На класс с методом мейн добавил аннотации:
@EntityScan(value={"ru.pcask.client",
"ru.pcask.activities_type"})
@EnableJpaRepositories(value={"ru.pcask.client",
"ru.pcask.activities_type"})
Таблицы создались.