я так не скажу, надо разобраться на чистом проекте когда и какие бины притягиваются для работы актуатора (spring-boot-starter-actuator), потом искать почему в товем так же не происходит
Попробуйте добавить ключ запуска "--debug" и смотреть лог репортера авто-конфигураций. Он пишет подробно какие автоконфигурации зааплаены, а какие нет, и главное, почему.