PB
На ubuntu (как минимум 16) можно увеличить число в файлике /proc/sys/fs/inotify/max_user_watches. Например поднять до 65535.
Второе - у идеи есть режим, когда изменения сохраняются сначала в отдельный файл. File | Settings | Appearance & Behavior | System Settings | "Use 'safe write'". Такие изменения могут с запозданием обнаруживаться вебпаком
Ну и стандартный совет - обновить зависимость на вебпака)
