Из корня classpath. На сколько я помню, если в модуле-зависимости есть такой файл в корне classpath, то он найдется. Но при этом бут прочитает только один файл с таким имнем. Рандомный из всех файлов с таким именем в корне classpath (кажется, в хотспот имплементации JVM, главный модуль победит, но это всего лишь особенность имплементации).
В общем, лучше так не делать.
application.properties дожен быть только в одном, запускаемом, модуле. А если в модуле нужно использовать какие-то умолчания для свойств, то эти умолчания можно задавать в биндинг-классе с пропертями.