JavaScript тоже может с куками и чем-то ещё работать.
Но мне пока всё ещё кажется, что это вопрос не про то. На "где хранятся куки" очень общий ответ: где-то на жёстком диске, в районе такой-то папки в ОС, не предполагается, что туда будет лезть кто-то кроме хрома. Возможно, вы хотите куки откуда-то прочитать/записать?