для остального есть геопандас
У вас всё же очень конкретный и узкий сегмент работы с геоданными, для которого хватает геометрии и геопандаса. Экосистема qgis-а (arcgis-а) для других задач. Например, если вы делаете инструменты для людей, а не только решаете собственные аналитические задачи. Или должны встроить свою аналитику в промышленные процессы, построенные на платформе настольной гис. Или вот, частный случай, автоматизация сложного рендеринга карт с оформлением в макетах - на basemap/matplotlib адекватно этого не сделать, но есть мощное API настольной ГИС. А если нужно интерактивное взаимодействие с геоданными на карте? В jupyter у вас будут адские костыли с встраиванием лифлета, программированием событий. А в настольной гис - всё есть из коробки. Про использование и комплексирование сотен готовых инструментов (всё, что есть в processing toolbox например) в одну строчку и всё остальное тоже можно долго говорить. Работа с пространственными она многогранная. Не только оверлеи и расстояния с диаграммами Вороного считать.