Мне кажется, таксономия не должна закрывать своим количеством всё содержимое базы знаний. Для структуризации достаточно разнотипных меток и блокнотов (если говорим о Evernote). Для всего остального существует поиск.
Dmitry В Notion любая иерархия и разные типы страниц и объектов в них. Можно много наворотить.
Как альтернатива, но привычная большинству, наверное, - Confluence в облаке. Для одного бесплатно, по-моему.