если поставить вот так то все работает норм. В теории она это автоматом должна была сделать, она впринципе это и делает (2 перегрузки одна для IDictionaryAttributes а вторая для IDictionaryCreationAttributes)
я смотрел. не нашёл такой команды, которая бы создавала миграцию с реляциями на основе изменений в коде модели.. типа <model>.belongsTo и прочие варианты