вопрос двугранный: есть PhD проект (как правило, в рабочей группе/отделе НИИ), а есть собственно обучение PhD (универ), и вот обучение бесплатное только на чешском, а на английском - дорогое. Шовинизма у чехов тоже полно, но я бы не сказал, что от кандидатов ожидают сразу уметь говорить по-чешски. Вот за полгода-год - скидки делать перестанут, будут ожидать общения на чешском... (моё впечатление, конечно, субъективно)