Я правильно понял, что в pdb формате водород не указывается?

Вот скриншот аденина. Водорода тут нет. А как его получить/добавить?

В формате может и указываться. Но большинство экспериментальных структур в PDB.org получены рентгеновской кристаллографией, которая водороды не видит.

Например, babel -h из пакета Openbabel -- простейший способ, имхо. Если не нужна кастомная протонация.

Понял. Спасибо большое!

Есть ли описание логики получения вторичной структуры белка(альфа-спирали, бета-листы и пр)? То, что затем реализовано в DSSP, STRIDE and KAKSI. Путь скачать DSSP и посмотреть исходники - очень брутален.
Мне нужна не реализация, а именно логика. Кто подскажет?

В публикациях про эти программы должно быть написано

Можно.

Нашёл. Спасибо!

Логика образования, логика разметки и логика предсказания это не одно и то же. Первое это все же про физику нуклеации и элонгации, о том, какие взаимодействия и в каком балансе приводят к тому, что замыкается вторичка, что это термодинамически выгодно. Про это можно в Финкельштейне почитать.
А второе это наш способ автоматизировать pattern recognition, чтобы навесить лейблы на позиции белка по имеющейся структуре. Тут да, DSSP и ко.
А третье это попытка инференса закономерностей между сочетаниями букв и secondary structure propensity, чтобы вывести этот лейбл (с или без вероятности) для буквы без информации о структуре, только по сиквенсу. Весьма давно на этом строились исследования по предсказанию структуры. Сейчас такие тулы особо никому не нужны, ибо моделлер, свиссмодел, Розетты, альфафолды...

Статью почитайте — там все описано

На самом деле нужны — модуль, предсказывающий вторичную структуру, и модуль, предсказывающий solvent accessibility, есть почти во всех современных нейросетках для предсказания фолдинга

как Вам такая новость:
https://t.me/ivoryzoo/475

ссылка на источник, чтобы не переходить в другой канал: https://www.nature.com/articles/s41929-021-00675-1

Ээээ ну написал и написал, молодец, он так-то в гомогенном катализе заметная фигура

Да, известный человек, такие в рф есть, а сама заметка как, прорывная?

это чтобы сбалансировать повестку (вроде, хорошие новости, но неточно) #зоопарк_одобряет

Не, ну про Ананикова никто не спорит, что мировой человек, к нам его на симпозиум приглашали, ну и работа про мешалки просто 11/10

Зоопарк любит периодически набрасывать

Даниил Браташов, русский переводчик gwyddion.net; занимался полиэлектролитными микрокапсулами для адресной доставки лекарств, сейчас разрабатываю приборы (in vivo цитометры) на основе флуоресценции и фотоакустики, в чат привело упоминание в зоопарке.

@vasya_lebedev твоя остановочка