Товарищи, здесь может кто проконсультировать по поводу кластеризации транскриптомов для метаанализа? А именно, корректно ли применять сначала MDS для понижения размерности, а затем на полученной матрице дистанций k-means для выделения кластеров? Я не нашла подобных статей с таким применением, а t-sne не очень для bulk рнасека подходит, насколько мне известно
Тебе в теории никто не мешает заделать кластаризацию хоть на результатах tSNE.
Проблема только в том, что это фига с два будет воспроизводиться.
Вектор ярлыков на tSNE ты можешь сохранить и потом юзать.
А вот классификатор фига с два - tSNE стохастический, координаты каждый раз будут разные.
MDS является детерминированным (емнип), так что там никаких проблем нет.