да и не то чтобы там много усилий нужно чтоб подискардить лишние файлы (хотя может у меня просто совсем тривиальные сборки были, так что не ручаюсь за это)
Особенно весело когда нужно иметь несколько класлоадеров. С native packager это тривиально - отлично умеет складывать в несколько папочек джарники. С assembly - то еще развлечение.