если в итоге нужно перекредитовываться, то бенефициаром этой программы, как мне кажется, является только компания
Ну конечно нужно. Ты же не думаешь, что Яндекс может выдавать бесплатные кредиты всем подряд и ничего с этого не иметь? Разумеется это такой же инструмент привязки людей к компании как rsu, которые вестятся четыре года