Подскажите пожалуйста, а каким еще способом можно управлять в состояниях пакетами без использования модуля salt.states.pkg
?
никаким, как какой смысл иметь несколько вариантов управления пакетами в пределах одной системы?
Если в альте какая-то своя собственная пакетная система и солт не умеет с ней работать - то все, конец. Или нужно написать новый / пропатчить имеющийся модуль.