если от рута требуется выполнить строго определённую команду в строго определённом окружении -- возможно, стоит написать suid helper, который тщательно проверит аргументы, очистит env и выполнит чего надо; не знаю только, насколько такое омагазиниваемо в случае надобности
(NB: если не сбросить, скажем, PATH -- такой suid helper может послужить удобной запускалкой чего попало с целевым именем, но в другом каталоге)

почитаю об этом, спасибо

возможно, чем-то пригодится:
http://git.altlinux.org/gears/h/hasher-priv.git?p=hasher-priv.git;a=blob;f=hasher-priv/chrootuid.c;hb=HEAD
(я туплю и не соображу сходу, что на эту тему хорошего иллюстративного было от ldv@altlinux.org или solar@openwall.com)

мне нужно сделать автовход паролем в root. Изначально, хотела сделать вход простым system() через c++, записав вход в одну строку. Но не нашла ни одного способа это сделать.

echo o | devel-su id
выполняет команду от рута. в шелл таким способом зайти не получится. лучше всего в /etc/ssh/sshd_config раскомментировать PermitRootLogin

этот файл не под рутом? Т.е., могу ли я, к примеру, открыть этот файл через c++?

Какой файл?

Вообще задача как то выглядит крайне всрато....

sshd_config

Хочешь делать из под рута делай сервис и запускай его systemd

Конечно под рутом, в чем проблема?

ну вот наконец вылез настоящий юзкейс))

да он и не скрывался)
по сути, надо просто поставить программку, программка ставится под рутом. Вот и вся байда

скрыто от пользователя поставить?))