Можно вообще не ставить флатаки. Большинство пакетов можно поставить через rpm-ostree.
rpm-ostree install «твоя консольная утилита».
В первых выпусках SB когда флатпаков было мало я так и делал. Тот-же свай и виртменеджер только рпм пакеты и поставишь. Но здесь нужно понимать, что чем больше рпм пакетов в системе, тем дольше она обновляется. А может вообще не обновиться и нужно будет все наложенные пакеты удалять, затем обновляться и снова ставить. Обычная федора обновляет пакеты на устройстве пользователя, а SB собирает полностью готовый образ на стороне сервера и загружает после перезагузки. Раньше я писал обзоры, здесь посмотри:
https://losst.ru/author/kucheraИ недавно игрался с телеграфом и сделал шпаргалку:
https://telegra.ph/SHpargalka-Silverblue-11-07