А если есть два или более пользователей в системе?
Это очевидно зависит от системы. Если честно я не помню когда делалось несколько учеток на одном компе в последнее время. Но если несколько пользователей одной и той же программы — да, будет оправдано. Допустим, я сейчас прямо смотрю на корень 26/40 Гб. Флэтпаковских программ вроде CubeMX, Octave и прочих Krita у мня на 2.7Гб.
Кстати, я бы такие приложения все-таки на всю систему не ставил, потому что если разные пользователи, то они возможно пользуются разными инструментами или разными версиями инструментов. Я, например, очень не люблю обновлять IDE без веской причины.