firejail - suid-дыра на технологиях начала 00х. Не пользуйся им. Пользуйся чем-то нормальным, например, bubblewrap или selinux-sandbox.
учту. пока вроде подходит вариант с флатпаком. я еще посмотрел как в него завернуть вторую телегу, кастомную. вроде не очень сложно должно быть. тогда будет вообще отлично и типа единообразно. ну я так надеюсь =)