У меня как-то были тормоза в JOSM из-за одного кривого плагина. Он перехватывал любое событие выделения, и начинал перебирать объекты в памяти. Пока была загружена небольшая область - было терпимо. Стоило загрузить много - начинались мучительные тормоза. После того как вычислил гада - снёс его к чертям, после этого проблем не было.
Ещё могут быть проблемы из-за нехватки памяти, выделенной для JOSM, лечится кастомными параметрами запуска.