ну тут два пути
1) как я, то етсь я просто пишу в бд нативно) у меня как раз и нужно рабоать с бд только из сервиса
2) просто запустить дарт код через FlutterEngine, я пробовал, все работает, делаете совю точку входа типа main функции, но так как не нужна вся прила, просто создаете так же глобал функцию допустим mainBackground и вызываеете ее
я остановился на записи нативно потмоу что голвый запуск дарт кода вызвал на 190 мтеров больше расхода озу почему то)) но может это из за дебаг режима, хз) а мне надо было простые дейтсвия в sqlite по этмоу я снем потом запуск дарт кода)