Руками поменял версию, флаттер собрал релизную неподписанную сборку, fastline подписал и залил. А как оно в первый раз я уже не помню.
У меня в Xcode настраиваются схемы, под разные виды сборок (дев, qa, stor), автоинкремент билда, сертификаты, иконки, bundle Id, название проекта, и ещё кучу всякой фигни) во флаттер можно хотя бы шрифты, переводы, изображения не раскалывать в ui, а все остальное кажется надо. Надо ещё почитать, можно ли как то без схем обойтись. То есть реализовать разные конфигурации прямо во flutter