Под андроид флаттер приложение состоит из java (а может уже и котлин, не помню) которая компилится как и в любом андроид приложении в один dex файл (возможно и несколько, если не укладываемся в лимит по количеству в 65к) и в so файлы (дарт код) которые дергаются через JNI