Я просто не понимаю, я делал точно также пару дней назад и все нормально было. Может, я что-то не так сделал
На гитхабе хранится твой код. Когда меняешь файл у себя, локально, то надо или коммит сделать, залить на гитхаб через гит пул или отменить изменения или спрятать из на время с помощью git stash