это решается дополнительной машинерией вроде сравнения директорий на airflow и с исходным кодом. да, это дополнительная прослойка, но это незначительное усложнение, к тому же которая никак не влияет на стабильность работы: сломается и хер с ней, можно руками дропнуть даги.
Просто если у вас, например, 500 дагов, а надо задеплоить всего 1, то выглядит странно - упаковать все 500 и задеплоить их.
К тому же в остальные 499 дагов могли быть внесены изменения, может даже с багами, а вы их выкатываете...