Если бы мне платили за каждый раз когда я вижу хранение конфига в config.py, я бы уже мог собрать себе новый пк.

Ладно бы если бы там были какие-нибудь не особо важные значения по вкусу юзера, но ведь бывает что в этот файл пишут url базы данных, как и пользователя с паролем типа password = "your-password-here", и это выглядит конечно убого. Но кроме этого это крайне неудобно, небезопасно и немасштабируемо.

1) Неудобно
Каждый раз когда вы коммитите конфиг с конфигами вашей базы данных, где то плачет один сканер секретов. Если вы храните там чувствительные данные, то вам надо либо:

а) включить конфиг в гитигнор, но в таком случае приложение не заведётся при отсутствии у юзера конфига, придеься костылять неуклюжие фоллбеки.
б) при каждом коммите помнить что ни в коем случае нельзя включать в него конфиг.

Второй вариант так же сопряжен с проблемой обновления схемы конфига. Захотел добавить какую-то опцию? Добавляешь настройку, тестишь что все работает, сканируешь глазами конфиг на свои секреты и стираешь их…