У меня были схожие проблемы. Задвоение источников обновлений. Но при командах
apt update
система в консоли писала об этих ошибках
Я закомментировал у себя строку с main.
Сейчас уже не помню.. вроде не нашел тот скрипт который эту запись помещает в sources.list
Если строку удалить. То она сразу восстанавливается, а если закомментировать то проблема решалась.
Потом через несколько месяцев после очередного обновления пришлось еще раз править sources.list
Это бага debian-вская.. надо найти скрипт который меняет sources.list

Может покажите в личке свой sourcrs.list

А чем должно помочь? Если есть ошибки задвоений, то закомментируйте main И обновляйтесь

Может покажите в личке свой sourcrs.list

На гит странице искали?

Ну это желательно доказать ссылкой на источник хотя бы..  потому что что проблемы могут быть более вероятно чем то что их не может быть при любых заменах

Нет...а какой адрес у страницы? Офф гит прокса?