Смотря что за прога. Я встречал программу, которая даже Sendkeys не отрабатывает: это программа установки ПО SAS. Там при этой установке много экранов с кучей выборов, в которых легко ошибиться, я хотел сделать программу для типовой установки, поскольку на всех компьютерах у нас эти выборы одни и те же. Такой же способ я раньше уже с успехом применял для "Сигнатуры", а здесь клавиши, переданные по Sendkeys, тупо игнорировались.
Ну, в итоге выбили у фирмы инструкции, как эту проблему решить штатными средствами, без своих костылей.