Вряд ли перезагрузит. Сам машинконфиг не применяется напрямую, а генерится rendered-, имена исходных машинконфигов там не упоминаются
Он должен, по идее, отрендерить новый mc пусть и такой же по содержанию и тогда machine-config-daemon пойдет проверять соответствует ли конфигурация новому рендеру. Если да, то ребутать тачки не будет