Я уже решил, единственный способ это создать отдельные конфиги для вложенных томов, или менять разметку с chroot'a. Снаппер не понимает вложенные томы, а в novell решили этим воспользоваться чтобы исключить "ненужные" директории. А точнее они разработали снаппер чтобы этим воспользоваться, это же их программа?)