ну вот я же могу подменить например dmenu через packageOverrides (так в конфиге и сделал) и моя версия dmenu будет использоваться во всех пакетах. Или я что-то не понимаю?
Overlays are similar to other methods for customizing Nixpkgs, in particular the packageOverrides attribute described in Section 2.5, “Modify packages via packageOverrides”. Indeed, packageOverrides acts as an overlay with only the super argument. It is therefore appropriate for basic use, but overlays are more powerful and easier to distribute.