Такие приложения пишут куда-то свои данные. Обычно это папка /var для системных сервисов и куда-то в хоум для пользовательских (например ~/.config или ~/.cache). В никсосе всё точно так же — эти директории менять можно.
Конфиги это другая тема. Системные лежат в /etc, для пользовательских приложений опять где-попало в хоуме. NixOS умеет генерировать нужные конфиги для системных сервисов и ложить их в /etc, либо указывать сервисам, где их можно найти. Эти конфиги уже в read-only и их можно поменять только через nixos — сервис сам свой конфиг поменять не может (и по-хорошему не должен). Если ставить приложения через Nix (без nixos), то конфиги берутся где обычно. Есть ещё home-manager, который умеет генерировать конфиги для пользовательских приложений.
Короче, конфиги и данные приложения обычно не являются частью read-only пакета