Потому что он может работать отдельно
Когда он подключен модулем, у тебя есть только поколения системы, но всё равно два активейшн файла, один для системы, один для home manager.
И вот не до конца понятно, почему в таком случае не использовать NixOS механизм, хотя есть предположения: чтобы из под юзера запускался скрипт, чтобы в случае фэйла (уже существующего файла) home-manager сервис мог просто упасть и всё было бы ок.