Но ведь если у него рут, то он получает ssh-ключ в любом случае
ну, условно он получает ключ от сервера, который только для получения егойной конфигурации с гитхаба прописан, а не мой, который может используется для подключения ещё и к другим серверам, и может вообще к аккаунту гитхаба подключен