Вот здесь
https://github.com/PMunch/nimlsp написано, что можно подсунуть source во время запуска:
"You can also pass them at run-time (if for example you're working with a custom copy of the stdlib by passing it as an argument to nimlsp."
-d:explicitSourcePath=PATH, where PATH is where you have your Nim sources
Я может какую-то фигню делаю: скачал сорцы нима и указываю на них?