Поставьте PMM или через pt-query-digest получите список запросов, которые нагружают базу больше всего. Хотябы будете знать сколько запросов, требующих оптимизации. Если запросов больше чем пара десятков, может быть выгодней/надёжней взять супорт у MySQL/Percona/Maria