В лубом случая для рейда ssd 500 iops это не так много. И особо ни о чём не говорит. Тяжёлый запрос может столько сгенерировать. Mysql отжирает всё, до чего может дотянутся. Мысль в том, что тут особо не пооптимизируешь. Просто нагрузили базу запросами. Можно попробовать, разве что, пооптимизировать, непосредственно, запросы)