Я сначала нахуевертил там 100500 файлов в отдельной папочке, пока изучал JS и PHP. Была жуть... вплоть до своих функций а-ля ORM.
Потом вынес PHP в классы.
Потом следующий этап просветления - я поставил композер и посмотрел, как нормально организовано в ларе.
Вынес классы почти все уже в композер. Стало красивее и логичнее.
Чисто теоретически, их можно теперь подключать куда угодно.
Как-то так. Просто классы работают через элокент с таблицами модх т.к. несмотря на увещевание Паши, подключать новые таблицы в модх "нативно" без костылей и сторонних плагинов слабореально - даже доку не нашел по этой теме :)