уу, ну это много где такое где есть корневой серт.
Только в freeipa дело осложняется тем, что серт нужен, чтобы работало api, чтобы работала связь между бэкендом и 389ds, а также тем, что фриипа собираетсяиз своих компонентов и конфигурируется волшебными перловыми скриптами на тысячи строк. И как там что внутри устроено, ты не представляешь, ты лишь дернул этот самый скрипт с парой параметров, как тебе рассказал quick start.
А вот чтобы починить, придется провалиться в крольичью нору поглубже, и сделать это надо будет побыстрее, потому что прод как бы лежит :)