Эмм, ну чисто гипотетически nginx проксирует 80 и 443 порты в сторону бекенда jira, ну а далее ищем различные шелы, sql инъекции и все такое...
Jira прямо такой дырявый продукт? Да дыры есть, как и везде, но их латают, обновляется нужно. Много вы в Java фреймворках на Tomcat SQL инъекций находили?:)