но когда следующий раз приходишь в такое окружение, то как всю эту схему опять прогнать ? ведь nodejs и nginx например уже стоят и как-то настроены (не факт что правильно)
Инструменты конфигурирования идемпотенты, как правило. То есть, к примеру, если стоит nginx - его никто не будет снова ставить. Если лежит конфиг такой, какой нужно - значит, его никто не будет переписывать.
надо тогда добавлять логику чтобы чекать версии и все файлы конфигов ?
Нет. Фактически при работе системы конфигурирования хост приводится к описанному состоянию. Ну и если есть 100 хостов и ручной ssh - ты что-то делаешь не так.