Прерывания монопольно захватывают проц. На время обработки прерывания основной код не выполняется. Т.е. если в нём не привязаться к какому нибудь аппаратному таймеру, то выполнение сдвигается по времени. Но ещё круче ситуация когда у тебя несколько прерываний. Каждое может быть важно, но каждое занимает время. И прервать выполнение прерывания может только более высокоприоритетное прерывание. Уж е даже не помню. Есть ли на Атмеге приоритеты дя прерываний.
О, боги, на что люди только не идут, лишь бы не брать ртос