Что-то такое пмню, что с этим были проблемы. вроде бы с записьб сообщения на автоответчик. Поэтому писали всегда в wav - все-таки потоковый формат, в котором записываемые сейчас данные не зависят от будущих данных. Если сейчас работает без нареканий, то надо пробовать.
Проблемы с тем, что процесс (де)кодировнаия mp3 - довольно тяжелый, поэтому если Вам надо много проигрывать одно и то же, то держать проигрываемые файлы в mp3 - просто зазря тратить выч.ресурсы сервера, где работает и так нелегкий фрисвич. Если у Вас звонков одновременных десяток, то этим можно пренебречь.