В россии, как мне видится, основные:
- несогласованность разных частей программы (в школе дают одно, в вузе "забудьте, чему учили в школе" и т.п., учебные планы составляются без учета параллельных курсов, то есть они не могут друг на друга опираться, дублируются, либо отсылают к тому, чего еще не дали на другом курсе)
- лютая оторванность высшего образования от реалий рынка труда и вообще положений сегодняшнего дня - многие преподы так и не видели мира вне стен универа, поэтому понимание того, "а что вообще важно для успешной работы по специальности" у них крайне деформированно