Они запускаются из консоли, по этому нужно было сначала прописать sys.path.insert для правильного импорта

pip. Просто пип

Просто дань соглашению, что класс должен содержать инит, но т.к. Нет свойств он пустой

пип — это звук, которым закрывают нецензурные слова в эфире))

Некоторые зависимости устанавливаются с pip3

Вынеси их на уровень выше. Как и requirements.txt

Для тестов  руководствовался этим https://flask.palletsprojects.com/en/2.0.x/testing/ там есть пример  https://github.com/pallets/flask/tree/main/examples/tutorial
Для req - здравым смыслом. Вдруг у нас несколько апок например и для каждой свой набор req?

Если несколько апок - значит несколько репозитортев

Не очень прилично кидать ссылку на вики , но тут  просто подробнее https://en.wikipedia.org/wiki/Pip_(package_manager)
И там есть фраза Most distributions of Python come with pip preinstalled. Python 2.7.9 and later (on the python2 series), and Python 3.4 and later include pip (pip3 for Python 3) by default. (это про pip)

Не понял немного, поясните пожалуйста (УПД) Понял, но почему? рек относится к конкретной апке, в ней и находится

Ну для каждого приложения должен быть свой гит репозиторий. Пихать несколько приложений в один не очень хорошая идея. Что будешь делать с докерфайлом например?

Или у вас есть на что сослаться?

Здесь в тестах все нормально, на верхнем уровне без всяких инсертов в path

Насчёт нескольких апликов - это просто пример. но в целом такое может быть, например если одна является допустим апихой а другая обслуживает фронт(опять же пример из потолка). И вполне может быть что у них разное окружение, и в каждой свой файл рек соответственно.  Так что я думаю что это логично. Но если есть какой-то пример из хороших практик по поводу размещения файла рек, то с радостью прислушаюсь , однако в данный момент я не вижу причин почему его нужно убирать из директории проекта учитывая что это по сути логический компонент проекта, описывающий конкретно его зависимости.

О, спасибо кстати за это , и вправду

Тогда структура должна быть такой:

app_1_name
|
 — src
     |
     — app.py
     — …
 — tests
 — requirements.txt
 — Dockerfile

app_2_name
|
 — по аналогии

симлинка без разницы вообще

вы там опять не путаете "джанго приложения" и приложения?

а кого вы спрашиваете?=) Если у меня то я не помню когда был первый раз=)