Спс, но кажется я немножко идиот )))) меня смутила строка в js где указано имя файла, я его воспринял как путь до файла, а оказалось что это то имя, с каким мы хотим сохранить скаченный файл. А качается этот файл уже как надо из flask. Оказываеься все норм у меня работает ))))