Я с фласком познакомился вчера только, поэтому я не знаю как это реализовать. Вообще этим заниматься должен был другой (это не по моей части), но сейчас такие обстоятельства, что мне пришлось взяться
В общем, 1. теперь ты должен найти где у тебя создаются тредлокал переменные и не освобождаются. Создание может быть неявное. Добавить очистку. Или переделать без использования тредлокалов 2. перейти на использование gunicorn/uwsgi/waitress/чтонибудт ещё