нет, проблема именно в работе флашей и типа того, докер добавляет дополнительный слой абстракции на ФС, а БД были на это не заточены, они вообще чувствительны к тому, на как ФС работает
эм.... какой такой слой абстракции? обычные bind маунты и неймспейсы.