я знаю КАК ДЕЛАТЬ ПРАВИЛЬНО (и даже могу рассказать, обьяснить, научить). Проблема в том, что предшественник 1) не знал 2) не оставил документации (и даже каментов в тикетах)
Если ты знаешь как делать правильно - бери и делай правильно сразу. Предшественники тебя не должны волновать. Тебе надо сразу делать правильно.
Конфиги лежат либо в слоях, либо да, docker commit. Лезть sshfs в контейнер - ещё большая глупость, чем изменяемые конфиги внутри.