Если ты юзаешь вот этот модуль
https://github.com/kvspb/nginx-auth-ldap, то там автор, судя по коду, очень своеобразно трактует rfc4516 (а, точнее, кладёт на него болт), неявно подставляя атрибут для выборки в фильтр.
У тебя, скорее всего, проблема в таймауте запроса по большому дереву. Попробуй, во-первых, указать более специфичный basedn, а также указать в фильтре objectclass-ы entry, которые тебе нужны.