Как можно доказать, что на сервере работает именно данный (открытый) код?
в общем случае никак
в ооочень специфичных случаях есть зашифрованные вычисления. если пользователь сам зашифрует выбранный код, ну и в код добавит свои секретные переменные, и получит результаты исполнения, расшифрует их, сравнит секретные переменные
но это все имеет замедление порядка 1000 раз